Zakład powstał formalnie 16.02.1954 roku, choć już w 1953 zaplanowano stworzenie w Nysie komunikacji publicznej. W tamtym okresie Nysa była najbardziej rozległym obszarowo miastem w województwie opolskim. Brak komunikacji publicznej był bardzo dużym utrudnieniem dla mieszkańców, którzy nie mieli żadnych alternatyw w możliwości dojechania do pracy w centrum Nysy.

Na początku MZK dysponowało flotą zaledwie czterech autobusów typu "Mawag" (późniejszy Ikarus). Były to pojazdy produkcji węgierskiej, które przydzielono Nysie z Katowic. Niestety pojazdy te były bardzo mocno wyeksploatowane (przebiegi ponad 400 tys. km.) i, co za tym idzie, awaryjne. Brak części zamiennych oraz częste awarie doprowadziły do szybkiej modernizacji taboru.

Pierwsza linia jaka powstała już w 1954 roku obsługiwała ulice pomiędzy Grodkowską (Podzamcze) a Świerczewskiego (Piłsudskiego). Jej głównym celem było dowożenie pracowników z całej Nysy do Zakładu Urządzeń Przemysłowych. Co ciekawe, na początku, linie miejskie kursowały bez rozkładów jazdy. Autobusy przyjeżdżały na przystanki w tzw. szczytach komunikacyjnych i dostosowywały swoje kursy pod potrzeby dwóch największych zakładów w Nysie: Fabryki Samochodów Dostawczych (ul. Szlak Chrobrego 6) i Zakładu Urządzeń Przemysłowych (dzisiejsza Piłsudskiego). Ciekawostką jest fakt, że taki sposób funkcjonowania komunikacji publicznej istnieje do dziś w wielu miastach na całym świecie.

MZK rozpoczynało swoją działalność przy ulicy Wolności 2 (obecnie galeria handlowa). W styczniu 1996 roku władze miasta przeniosły zajezdnię autobusową na ulicę Piłsudskiego 59 (zabudowania po ZUP II).

W 1998 roku wprowadzono do floty autobusowej pierwsze pojazdy z elektronicznymi tablicami kierunkowymi. Były to autobusy Autosan A1010M (numery boczne 3 i 4). Pierwszy z nich do dziś służy mieszkańcom Nysy.

W latach 2007-2008 rozpoczeto proces wymiany autobusów na niskopodłogowe. Pierwszymi niskopodłogowcami w MZK Nysa były polskie Solbusy SN11 (numery 14,15,16,17,18,19 i 20). Autobusy te do dziś jeżdżą po Nysie.

W marcu 2019 wprowadzono całkowicie nową organizację w zakresie rozkładów jazdy.

W 2020 roku MZK Nysa po raz pierwszy wprowadziła do taboru pojazdy elektryczne. Są to autobusy marki SOR EBN 9,5. Obsługują linię "E".